Diferența cheie între fermentarea în stare solidă și fermentația submersivă este că fermentarea în stare solidă implică cultivarea microorganismelor pe un substrat solid cu un conținut scăzut de umiditate, în timp ce fermentația submersă implică cultivarea microorganismelor într-un mediu lichid care are mai mult de 95% conținut de apă..
Microorganismele sunt benefice în diferite tipuri de industrii. Bacteriile și ciupercile au în special o mare varietate de aplicații în industrii. Microorganismele ar trebui cultivate pe scară largă în timpul procesului de fermentație industrială pentru a extrage produsele necesare rezultate din metabolismul microbian. Fermentarea în stare solidă și fermentația scufundată sunt două tipuri principale de fermentație care ajută la producerea enzimelor în mod industrial. În fermentația în stare solidă, fermentația are loc prin microorganisme cultivate pe un substrat solid, în timp ce în fermentația scufundată, fermentația are loc prin microorganisme cultivate într-un mediu lichid. Fiecare metodă are avantaje, precum și dezavantaje.