Diferența cheie între șoarecii transgenici și șoarecii knockout este că șoarecii transgenici au gene străine inserate în genomul său, în timp ce șoarecii knockout au o genă de interes funcțional inactivată.
Ingineria genetică este domeniul geneticii în care structura genetică a unui organism este modificată sau manipulată prin tehnologia ADN-ului recombinant. Organismele transgenice sunt realizate prin introducerea genelor străine (transgenele) în organisme folosind biotehnologia. Sunt numite și organisme modificate genetic. Organismele transgenice sunt instrumente valoroase de cercetare. Acestea sunt importante în explorarea funcției genei și în terapia genică și agricultură. Șoarecii sunt folosiți ca modele de animale de laborator, deoarece sunt mai strâns legați de oameni. Șoarecii transgenici și șoarecii knockout sunt două tipuri de animale modificate genetic. La șoareci transgenici, ADN-ul gazdei la un locus este înlocuit cu o versiune diferită a aceleiași gene sau o genă complet diferită. La șoareci knockout, gena gazdă este pur și simplu ștearsă sau inactivată funcțional.
