Diferența cheie între endosimbioză și invaginare este că endosimbioza este o teorie care explică originea mitocondriilor și a cloroplastelor din interiorul celulei eucariote, în timp ce invaginarea este un proces care explică originea nucleului și a altor organite celulare prin formarea invaginării din plasmă. membrana către interiorul celulei.
Oamenii de știință cred că celulele eucariote au evoluat din celulele procariote. Ei au dezvoltat multe teorii pentru a explica modul în care a avut loc această evoluție. Endosimbioza este o astfel de teorie care explică originea mitocondriilor și a cloroplastului în interiorul celulelor eucariote din bacteriile procariote. În timp ce invaginarea este un proces care explică originea nucleului și a altor organite legate de membrană în interiorul celulei eucariote.