Diferența cheie între fotosistemul 1 și fotosistemul 2 este că fotosistemul 1 are un centru de reacție compus din clorofilă o moleculă de P700 care absoarbe lumina la o lungime de undă de 700 nm. Pe de altă parte, fotosistemul II are un centru de reacție cuprinzând clorofilă o moleculă de P680 care absoarbe lumina la o lungime de undă de 680 nm.
Fotosistemele sunt o colecție de molecule de clorofilă, molecule de pigment accesorii, proteine și compuși organici mici. Există două fotosisteme principale; fotosistemul I (PS I) și fotosistemul II (PS II), prezente în membranele tilacoide ale cloroplastelor din plante. Ambele efectuează reacția ușoară a fotosintezei. În consecință, plantele au nevoie în esență de aceste două sisteme de fotografiere. Acest lucru se datorează faptului că electronii de îndepărtare din apă necesită mai multă energie decât pot furniza fotosistemul activat prin lumină. În consecință, fotosistemul II poate absorbi lumina cu lungime de undă mai mică (energie mai mare) și se leagă în tandem cu PS I, permițând fluxul de electroni neciclic.
