Diferența cheie între GFP și EGFP este că GFP este o proteină de tip sălbatic încorporată în clonarea moleculară a celulelor non-mamifere în timp ce EGFP este un tip îmbunătățit sau modificat de GFP care poate fi utilizat pe celulele de mamifere.
Clonarea moleculară este o tehnică avansată pe care oamenii de știință o folosesc imens în exprimarea proteinelor prin tehnologia recombinantă. În tehnologia ADN-ului recombinant, este necesar să se transforme vectorul recombinant cu succes în organismul gazdă. Prin urmare, în timpul procesului de transformare, ar trebui identificat și confirmat dacă gena de interes a fost transformată sau nu în gazdă. Pentru a evalua acest lucru, biologii moleculari adoptă mai multe tehnici. Dintre aceste tehnici, una este gena reporter. Aceste gene raportoare acționează ca markeri selectabili pentru a selecta transformanții corecți. Astfel, Proteina Fluorescentă Verde (GFP) și Proteina Fluorescentă Verde Îmbunătățită (EGFP) sunt două proteine raportoare utilizate în clonarea moleculară.