Diferența cheie între SM și boala Lyme este că boala Lyme este o boală infecțioasă, în timp ce MS nu este o boală inflamatorie fără origine infecțioasă. Adică, scleroza multiplă este o boală inflamatorie cronică autoimună, mediată de celule T, care afectează sistemul nervos central. Boala Lyme, pe de altă parte, este cauzată de un spirochet numit Borrelia burgdoferi care pătrunde în corpul uman prin mușcăturile păduchilor sau căpușelor.
Atât scleroza multiplă, cât și boala Lyme sunt boli care ne pot afecta sistemul neurologic.