Diferența cheie între endosporii bacterieni și sporii fungici este organizarea celulară a celor două tipuri de spori. Endosporii bacterieni sunt structuri latente prezente în bacteriile procariote. Sporii fungici sunt structuri reproductive prezente în ciupercile eucariote.
Endosporii bacterieni sunt prezenți în celulele bacteriene și sunt structuri latente care pot supraviețui condițiilor dure de mediu. În consecință, acești endospori germinează atunci când se îndeplinesc condițiile de mediu adecvate. În schimb, sporii fungici sunt exospori care se eliberează spre exterior pentru sporulare.
