Key Difference - Nick Translation vs Primer Extension
Traducerea Nick și extinderea primerului sunt două tehnici importante efectuate în biologia moleculară. Diferența cheie între translația nick și extensia primer este că procesul de traducere nick produce sonde etichetate pentru alte tehnici de hibridizare, în timp ce metoda extensiei primer identifică o secvență specifică de ARN dintr-un amestec și dezvăluie informații despre expresia ARNm. Ambele tehnici au o mare importanță și sunt efectuate în mod obișnuit în laboratoarele de cercetare moleculară.
CUPRINS
1. Prezentare generală și diferența cheie
2. Ce este Nick Translation
3. Ce este Primer Extension
4. Comparare side by side - Nick Translation vs Primer Extension
5. Rezumat
Ce este Nick Translation?
Traducerea Nick este o tehnică importantă utilizată pentru prepararea sondelor marcate pentru diverse tehnici biologice moleculare, cum ar fi blotarea, hibridizarea in situ, hibridizarea fluorescentă in situ etc. Este o metodă in vitro de etichetare a ADN-ului. Sondele ADN sunt utilizate pentru a identifica secvențe specifice de ADN sau ARN. Cu ajutorul unei sonde marcate, fragmente specifice pot fi marcate sau vizualizate dintr-un amestec complex de acid nucleic. Prin urmare, sondele marcate sunt pregătite folosind diverse tehnici pentru a fi utilizate pentru diferite tehnici. Traducerea Nick este o astfel de metodă care produce sonde marcate cu ajutorul enzimelor DNază 1 și ADN polimerază 1.
Procesul de traducere a poreclelor începe cu activitatea enzimei DNazei 1. DNaza 1 introduce ciocănituri în coloana vertebrală a fosfatului ADN-ului dublu catenar prin scindarea legăturilor fosfodiesterice între nucleotide. Odată ce nick-ul este creat, grupul 3 'OH liber al nucleotidei va fi cedat și enzima ADN polimerază 1 va acționa asupra acestuia. Activitatea de exonuclează 5 'până la 3' a ADN polimerazei 1 îndepărtează nucleotidele din porumb în direcția 3 'a catenei ADN. În același timp, activitatea polimerazei enzimei ADN polimerazei 1 funcționează și adaugă nucleotide pentru a înlocui nucleotidele îndepărtate. Dacă nucleotidele au fost marcate, înlocuirea va avea loc cu nucleotidele marcate și va marca ADN-ul pentru identificare. Acest ADN nou sintetizat marcat poate fi folosit ca sonde în diferite reacții de hibridizare în Biologia Moleculară.
Figura 01: Procesul de traducere a nickului
Ce este Primer Extension?
Extensia primerului este o tehnică care este utilizată pentru a găsi secvența specifică de ARN dintr-un amestec de ARN și pentru a localiza capătul 5 'al transcrierii ARNm. Este, de asemenea, utilizat pentru a studia structura ARN-ului și a expresiei. Metoda de extindere a grundului se realizează cu grunduri marcate sau cu nucleotide marcate. Dacă se utilizează primerii marcați, exclude necesitatea marcării nucleotidelor care sunt utilizate pentru sinteza ADNc. Există mai mulți pași în această tehnică. Începe cu extragerea ARN-ului din probă. Apoi, un primer oligonucleotidic marcat este adăugat la amestec împreună cu ingredientele necesare pentru a sintetiza ADNc dintr-o secvență specifică de ARN. Grundul se recoace cu secvența complementară din amestec. Folosind secvența de recoacere a grundului ca șablon,enzima transcriptază inversă sintetizează ADN-ul complementar (ADNc) al secvenței ARN. Recuocarea primară și transcrierea inversă apar numai atunci când secvența specifică de ARN este prezentă în probă. În cele din urmă, când se efectuează electroforeza pe gel de denaturare, se poate determina dimensiunea secvenței de ARN. De asemenea, este ușor să găsiți baza +1 a secvenței mARN (site-ul de inițiere a transcripției) prin metoda extensiei primerului. Cantitatea de ARNm prezent în probă poate fi cuantificată prin această metodă dacă se utilizează excesul de grund. De asemenea, este ușor să găsiți baza +1 a secvenței mARN (site-ul de inițiere a transcripției) prin metoda extensiei primerului. Cantitatea de ARNm prezent în probă poate fi cuantificată prin această metodă dacă se utilizează excesul de grund. De asemenea, este ușor să găsiți baza +1 a secvenței mARN (site-ul de inițiere a transcripției) prin metoda extensiei primerului. Cantitatea de ARNm prezent în probă poate fi cuantificată prin această metodă dacă se utilizează excesul de grund.
Figura 02: Extensie grund
Care este diferența dintre Nick Translation și Primer Extension?
Difuzarea articolului din mijloc înainte de tabel
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Traducerea Nick este un proces care creează sonde ADN marcate pentru diferite reacții de hibridizare. | Extensia primară este o tehnică utilizată pentru a găsi ARN specific sau pentru a studia expresia genelor. |
| Enzime utilizate | |
| Se utilizează enzime DNase 1 și ADN polimerază. | Se utilizează enzima revers transcriptază. |
| Importanţă | |
| Traducerea Nick facilitează marcarea secvenței ADN specifice. | Extensia primerului permite detectarea dimensiunii specifice a secvenței ARNm și a cantității prezente în probă. |
Rezumat - Nick Translation vs Primer Extension
Traducerea Nick este o metodă utilizată pentru sintetizarea sondelor marcate pe baza activităților enzimelor DNase 1 și E coli ADN polimerază 1. Este o metodă in vitro utilizată în laboratoare înainte de diferite tehnici de hibridizare. În timpul traducerii nick, activitatea de exonuclează 5'-3 'a ADN polimerazei 1 îndepărtează nucleotidele înaintea activității nick și a polimerazei ADN polimerazei 1 înlocuiește nucleotidele îndepărtate cu nucleotide marcate în spatele nickului. Extensia de bază este o metodă care este utilizată pentru a detecta un transcript specific de ARN dintr-un amestec și pentru a cuantifica dimensiunea și cantitatea de ARN de interes. Aceasta este diferența dintre traducerea nick și extensia primerului.
