Diferența cheie între mitocondrii și kinetoplast este că mitocondriile sunt organite ale celulelor eucariote care produc energie (ATP). Între timp, kinetoplastul este o rețea de ADN circular prezent în interiorul unei mari mitocondriuni, în special în protozoare din clasa Kinetoplastea.
Celulele eucariote au diferite tipuri de organite celulare. Aceste organite diferite îndeplinesc funcții diferite în interiorul celulei vii. Dintre acestea, mitocondriile sunt unul dintre organele legate de membrană observate într-o celulă eucariotă. Ele sunt organitele care sunt responsabile pentru producerea de energie (sub formă de ATP) în celule. Prin urmare, sunt considerați ca puteri ale celulei. Mitocondriile au propriul lor genom, care este ADN circular moștenit matern. Kinetoplastul este rețeaua de ADN circular văzută în mitocondriile mari ale organismelor aparținând clasei Kinetoplastida. Prin urmare, kinetoplastele sunt observate numai în acest subdomeniu eucariot.
