Diferența cheie între cromatofocusarea și focalizarea izoelectrică este că cromatofocarea este un tip de metodă de cromatografie pe coloană care utilizează rășini schimbătoare de ioni, în timp ce focalizarea izoelectrică este un tip de tehnică de electroforeză care utilizează geluri gradiente de pH imobilizate.
Cromatofocusarea și focalizarea izoelectrică sunt două tehnici care separă proteinele în funcție de punctele lor izoelectrice. Atât cromatofocalizarea, cât și focalizarea izoelectrică au o mare putere de rezolvare. Cromatofocusarea este o metodă de cromatografie pe coloană de înaltă rezoluție, în timp ce focalizarea izoelectrică este o metodă de separare electroforetică. Mai mult, cromatofocusarea nu folosește un câmp electric, în timp ce focalizarea izoelectrică are nevoie de un câmp electric.