Diferența cheie între vaccinurile polizaharidice și conjugate constă în faptul că vaccinurile polizaharidice conțin doar polizaharide libere ca antigene, în timp ce vaccinurile conjugate conțin polizaharide combinate cu o moleculă proteică.
Vaccinurile polizaharidice și conjugate sunt două tipuri de vaccinuri. Vaccinurile polizaharidice conțin doar capsula polizaharidică ca antigen pentru a stimula un răspuns imun. Prin urmare, acestea provoacă un răspuns imun neglijabil în comparație cu vaccinurile conjugate. Vaccinurile conjugate conțin polizaharide conjugate cu o proteină imunogenă. Prin urmare, acestea provoacă un răspuns imun mai puternic. Mai mult, vaccinurile conjugate stabilesc memoria celulelor B și imunizarea pe termen lung. În prezent, vaccinurile conjugate au înlocuit în mare măsură vaccinurile polizaharidice.