Diferența cheie între andocare moleculară și notare este că andocarea este o tehnică utilizată pentru a determina afinitatea de legare între două molecule, în timp ce notarea este un proces de evaluare a unei anumite poziții prin numărarea numărului de interacțiuni intermoleculare favorabile.
Termenii de andocare moleculară și notare sunt utilizați în domeniul modelării moleculare. Modelarea moleculară este o tehnică utilizată pentru a determina aranjamentele posibile ale diferitelor molecule într-o substanță dată. Această tehnică este importantă în crearea de noi compuși stabili.