Diferența cheie între motoarele moleculare liniare și rotative se bazează în principal pe mișcarea complexelor care formează proteina motorului. În timp ce motoarele moleculare liniare prezintă mișcare liniară unidirecțională între complexe, motoarele moleculare rotative prezintă mișcări rotative în jurul diferitelor complexe care formează motorul molecular.
Motoarele moleculare sunt biomolecule importante care participă la multe reacții, în special asociate cu generarea de energie în ceea ce privește adenozin trifosfatul (ATP). Acestea joacă un rol esențial în mișcare sau în lucrarea mecanică. Proteinele motorii folosesc energie liberă din ATP sau hidroliza nucleotidului trifosfat pentru a produce o forță mecanică. Există două tipuri de motoare moleculare ca motoare moleculare liniare și motoare moleculare rotative. Ele reprezintă două moduri de funcționare a motorului.
