Diferența cheie între elementele atomice și moleculare este că elementul atomic este o specie chimică care există ca atomi independenți, în timp ce elementul molecular este o substanță moleculară care constă din doi sau mai mulți atomi dintr-un singur element.
Elementele atomice sunt cele mai stabile elemente chimice; în principal gazele nobile. Prin urmare, pot exista ca atomi independenți. Dar pot suferi reacții chimice pentru a forma și compuși. În schimb, elementele moleculare sunt compuși chimici care conțin cel puțin doi atomi din același element chimic. Acești atomi se leagă între ei prin formarea de legături chimice între atomi.