Diferența cheie între efectul fondator și deriva genetică este că efectul fondator este un eveniment de derivă genetică în care un grup mic se desparte de populația principală pentru a stabili o colonie, în timp ce deriva genetică se referă la modificările aleatorii ale frecvențelor alelelor la populațiile mici care cauzează dispariția anumitor gene cu timpul.
Evoluția este procesul care explică schimbarea trăsăturilor din organisme de-a lungul generațiilor succesive. Evoluția se bazează pe selecția naturală și pe deriva genetică. Datorită selecției naturale, caracteristicile favorabile rămân în populații, în timp ce caracteristicile nefavorabile se diminuează de la populații în timp. În mod similar, deriva genetică determină modificări aleatorii ale frecvențelor alelelor la populații mici, datorită șansei de a dispărea anumite gene din cauza morții sau a evitării reproducerii. Efectul fondator și efectul de blocaj sunt două evenimente ale derivei genetice.
