Diferența cheie între plastochinonă și plastocianină este că plastochinona este o moleculă purtătoare lipofilă care transferă electronii la plastocianină prin complexul proteic citocrom b6f. Dar, plastocianina este o mică proteină albastră-cupru solubilă în apă care acceptă o pereche de electroni din complexul citocrom b 6 f și o trece la fotosistemul I din spațiul tilacoid.
Fotosinteza are două tipuri de reacții ca reacții dependente de lumină și reacții independente de lumină. Aceste două tipuri de fotosisteme joacă un rol important în reacțiile dependente de lumină. Sunt fotosistemul I și II. Fotosistemele sunt complexe mari de proteine și pigmenți sau molecule absorbante de lumină. Captează energia din lumina soarelui. P700 este centrul de reacție al fotosistemului I, în timp ce P680 este centrul de reacție al fotosistemului II. Fiecare fotosistem absoarbe lumina și produce ATP prin fotofosforilare. De asemenea, produc NADPH. Mai multe tipuri de acceptori de electroni participă la reacțiile dependente de lumină. Plastoquinona și plastocianina sunt două tipuri de molecule implicate în lanțul de transport al electronilor.
