Diferența cheie între asocierea bazelor Watson și Crick și Hoogsteen este că asocierea bazelor Watson și Crick este modul standard care descrie formarea perechilor de baze între purine și pirimidine. Între timp, împerecherea bazelor Hoogsteen este o modalitate alternativă de a forma perechi de baze în care purina are o conformație diferită față de pirimidină.
O nucleotidă are trei componente: o bază azotată, un zahăr pentoză și o grupare fosfat. Există cinci baze azotate diferite și două zaharuri pentoză implicate în structura ADN și ARN. Când aceste nucleotide formează o secvență de nucleotide, bazele complementare, fie purine, fie pirimidine, formează legături de hidrogen între ele. Acest lucru este cunoscut sub numele de împerechere de baze. Prin urmare, o pereche de baze se formează prin unirea a două baze azotate prin legături de hidrogen. Asocierea bazelor Watson și Crick este abordarea clasică sau standard, în timp ce asocierea bazelor Hoogsteen este o modalitate alternativă de a forma perechi de baze.
