Diferența cheie între proteomică și metabolomică este că proteomica este studiul tuturor proteinelor unui organism, în timp ce metabolomica este studiul tuturor metaboliților unui organism.
Genomica este studiul structurii genetice a unui organism. Proteomica și metabolomica sunt două științe omice legate de genomică. Proteomul se referă la toate proteinele dintr-o celulă sau un organism. Metabolomul, pe de altă parte, se referă la toți metaboliții unui organism. Astfel, studiul proteomului este proteomica, în timp ce studiul metabolomului este metabolomica. Atât proteomica, cât și metabolomica sunt importante în diagnosticul bolii și în caracterizarea și screeningul organismelor. Mai mult, ambele sunt conectate în multe aspecte ale biologiei celulare, în special în semnalizarea celulară, degradarea și generarea proteinelor și modificarea post-translațională.
