Diferența-cheie între secvențierea ierarhică și secvența de pușcă a genomului întreg este că, în secvențierea ierarhică a pușcii, genomul este divizat în fragmente mai mari înainte de secvențiere, în timp ce, în secvențierea pușcii genomului întreg, întregul genom este divizat în fragmente mici pentru secvențierea.
Secvențierea este o tehnică importantă în procesele moleculare, în special în identificarea precisă a speciilor. De fapt, este tehnica de identificare a ordinii precise a nucleotidelor dintr-o genă sau un genom. Există multe tehnici de secvențiere. Unele dintre acestea includ Metoda Maxam Gilbert, Metoda Sanger și metoda automatizată Sanger.