Diferența cheie între inactivarea X și imprimarea genomică este că inactivarea X este procesul prin care o copie a cromozomului X este inactivată la unele femele, în timp ce imprimarea genomică este un proces care depinde de părintele de origine și este procesul în care copiile genele sunt exprimate diferențial.
Inactivarea X și imprimarea genomică sunt două procese care pot duce la exprimarea monoalelică. În cuvinte simple, ambele fenomene determină oprirea unei copii a unei gene. Imprimarea genomică are loc în gene specifice, în timp ce inactivarea X determină inactivarea genelor în întregul cromozom X. Cu toate acestea, ambele procese duc la scăderea exprimării genelor.