Diferența cheie între asemănare și identitate în alinierea secvenței este că asemănarea este asemănarea (asemănarea) dintre două secvențe în comparație, în timp ce identitatea este numărul de caractere care se potrivesc exact între două secvențe diferite.
Bioinformatica este un domeniu interdisciplinar al științei care implică în principal biologie moleculară și genetică, informatică, matematică și statistică. Alinierea secvenței este un termen major în bioinformatică. Este procedura în care secvențele de ADN, ARN sau proteine sunt aranjate pentru a identifica regiuni de asemănare care este o consecință a relației funcționale, structurale sau evolutive dintre secvențe. La sfârșitul alinierii, acestea vor fi prezentate ca rânduri într-o matrice. Pentru a alinia caracterele identice în grupuri succesive, există lacune inserate între reziduuri.
