Diferența cheie între UPGMA și arborele de îmbinare vecin este tipul arborelui filogenetic rezultat din fiecare metodă. UPGMA este tehnica de construire a unui arbore filogenetic înrădăcinat, în timp ce arborele de îmbinare vecin este tehnica construirii unui arbore filogenetic neînrădăcinat.
Arborii filogenetici sunt diagrame asemănătoare copacilor care arată relații evolutive între organisme. Un copac filogenetic poate avea diferite topologii în funcție de tehnica utilizată pentru construirea copacilor. UPGMA și arborele de îmbinare vecin sunt două metode principale care construiesc arbori filogenetici.
