Diferența cheie între electroforeza pe gel 1D și 2D este proprietățile utilizate pentru separarea proteinelor pe electroforeza pe gel. Electroforeza pe gel 1D separă proteinele numai pe baza greutății moleculare, în timp ce electroforeza pe gel 2D separă proteinele pe baza punctului său iso-electric și a greutății moleculare.
Separarea proteinelor prin electroforeză pe gel este o tehnică importantă de caracterizare a proteinelor. Proteinele au proprietăți variate; prin urmare, separarea este mai complexă în comparație cu separarea ADN-ului prin electroforeză pe gel de agaroză.