Diferența cheie dintre alelopatie și antibioză se bazează pe tipul de efect adus de fiecare fenomen. Alelopatia produce atât efecte pozitive, cât și negative asupra relației dintre două sau mai multe organisme, în timp ce antibioza produce efecte negative asupra unuia dintre organismele implicate în relație.
Nutriția joacă un rol important în supraviețuirea organismelor. În acest context, relația dintre organisme pentru necesarul de nutrienți este vitală. Atât alelopatia, cât și antibioza sunt relații care au loc între două sau mai multe organisme. Cu toate acestea, ele răspund reciproc sub diferite forme.