Diferența cheie între filtrarea pe gel și cromatografia cu permeație pe gel este că faza mobilă a cromatografiei cu filtrare pe gel este o soluție apoasă, în timp ce faza mobilă a cromatografiei cu permeație pe gel este un solvent organic.
Atât filtrarea pe gel, cât și cromatografia cu permeație pe gel intră în categoria cromatografiei de excludere a dimensiunii, în care putem separa moleculele într-o soluție în funcție de mărimea lor. Adică, uneori, putem separa moleculele în funcție de greutățile lor moleculare. De obicei, folosim aceste tehnici pentru a separa molecule complexe, cum ar fi proteinele și la scară industrială, pentru a separa materialele polimerice. Principala diferență între filtrarea pe gel și cromatografia cu permeație pe gel este în faza mobilă pe care o folosim în fiecare tehnică.
