Diferența cheie dintre topoizomeraza procariotă și eucariotă este originea celulară a topoizomerazei. Topoizomerazele procariote sunt prezente în celulele de origine celulară procariotă, în timp ce topoizomerazele eucariote sunt prezente în rândul organismelor cu origine celulară eucariotă. În plus, diferă și în ceea ce privește distribuția. Topoizomerazele procariote sunt prezente în citoplasma celulei, în timp ce topoizomerazele eucariote sunt distribuite în nucleu.
O izomerază este un grup de enzime care catalizează rearanjarea structurală a moleculelor. Topoisomeraza este un tip de izomeraze. Modifică topologia moleculei de ADN prin reglarea supraînfășurării ADN-ului. Tăie și resigilează una sau ambele fire ale duplexului ADN. Prin urmare, ADN-ul poate suferi replicare, transcriere, reparare și segregare cromozomială. Există două tipuri de topoizomeraze și anume topoizomeraza I și II.
