Diferența cheie dintre corpurile Golgi și mitocondriile este în funcția pe care o îndeplinesc. Funcția principală a corpurilor Golgi (sau a aparatului Golgi) este modificarea, sortarea și ambalarea proteinelor pentru secreție, în timp ce funcția principală a mitocondriilor este producerea monedei energetice a celulei (ATP) prin respirație.
Celulele eucariote conțin organite celulare precum corpurile Golgi, mitocondriile, lizozomii, ribozomii, nucleul etc. Acestea sunt organite vitale necesare funcțiilor celulare. Corpurile Golgi sunt o parte a sistemului endomembranar care cuprinde vezicule și membrane pliate, în timp ce mitocondriile sunt organele duble în formă de fasole, legate în membrană, găsite în celulele eucariote.