Diferența esențială dintre epistază și pleiotropie este că epistaza este fenomenul în care o genă la un locus modifică expresia fenotipică a unei gene la un alt locus, în timp ce pleiotropia explică fenomenul în care o singură genă afectează mai multe trăsături fenotipice.
Epistaza și pleiotropia sunt două fenomene în genetică. Epistaza apare atunci când mai multe gene determină un singur fenotip. Prin urmare, în epistază, o genă influențează expresia altei gene situată la un locus diferit. În contrast, pleiotropia apare atunci când o genă determină fenotipuri multiple. Prin urmare, o genă contribuie la multiple caracteristici. Atât epistaza, cât și pleiotropia sunt variații ale moștenirii mendeliene.