Diferența cheie între fagolizozom și fagozom este că fagolizozomul este un corp citoplasmatic format prin fuziunea unui fagozom cu un lizozom. Între timp, fagozomul este o veziculă formată în jurul particulelor înghițite de o celulă fagocitară în timpul fagocitozei.
Fagocitoza este un mecanism de apărare utilizat în anumite celule sau organisme pentru a îndepărta particulele străine din corp. Fagocitele sunt celulele care efectuează fagocitoza. Fagocitele sunt tipuri de celule albe din sânge, în special neutrofile, monocitele și macrofagele prezente în sânge. Aceste celule protejează corpul prin detectarea particulelor străine, cum ar fi bacteriile, toxinele, celulele somatice moarte și moarte etc. Fagocitele le înghit și le distrug. Fagocitoza este un fel de endocitoză. Prin fagocitoză, particulele solide se interiorizează într-o structură numită fagozom. Odată ce sunt prinși în interiorul fagozomului, se fuzionează cu lizozomii și formează fagolizozomi. Apoi, folosind enzimele lizozomului hidrolază, particulele din fagozom sunt degradate și distruse.
