Diferența cheie între transplantul de celule stem autologe și alogene este că, în transplantul de celule stem autologe, propriile celule sunt utilizate în transplant, în timp ce în transplantul de celule stem alogene, un donator este asortat înainte de transplant și apoi administrat.
Transplantul de celule stem este o tehnică utilizată în principal în tratamentul cancerului. În transplantul de celule stem, celulele stem cu caracteristici avansate adecvate sunt administrate astfel încât să se dezvolte în celule imunologice capabile să distrugă celulele canceroase. Cealaltă funcție a sa este de a proteja celulele non-maligne din corp. Transplantul de celule stem autologe și alogene sunt două tipuri de tehnici de transplant de celule stem. Transplantul de celule stem autolog utilizează propriile celule stem pentru transplant, în timp ce transplantul de celule stem alogene utilizează celule stem ale unui donator asociat.