Diferența cheie între transplantul alogen și cel autolog depinde de sursa celulelor stem pentru transplant. Transplantul alogen folosește celule stem noi de la un donator diferit, în timp ce transplantul autolog folosește propriile celule stem ale pacientului.
Celulele stem sunt celule nediferențiate care se pot împărți și diferenția în diferite alte tipuri de celule. În consecință, aceste celule au capacitatea de auto-reînnoire. Prin urmare, ele sunt fundamentul pentru organele și țesuturile noastre. Mai mult, ele acționează ca un sistem de reparare a corpului nostru. Deoarece celulele stem sunt capabile să producă mai multe celule fiice de același tip sau să se diferențieze în tipuri specifice de celule, ele sunt utilizate în terapiile cu celule stem pentru a înlocui țesuturile nefuncționale sau bolnave cu țesuturi sănătoase. Terapia cu celule stem poate fi alogenă sau autologă. Depinde de noile celule stem utilizate pentru a înlocui țesutul în transplant. În terapia cu celule stem, dacă celulele stem utilizate sunt ale pacientului, este cunoscut sub numele de transplant autolog. Dar, dacă provine de la un alt donator, atunci se numește transplant alogen.