Diferența cheie între Apicomplexia și Ciliophora este că Apicomplexia este un subfil de protozoare și include organisme cu un complex apical, în timp ce Ciliophora este un alt subfil de protozoare care include organisme cu cili.
Protozoa este unul dintre cele două grupuri majore care aparțin Regatului Protista. Celălalt grup este alge. Protozoarii sunt animale unicelulare precum organismele eucariote. Aparțin a patru clase: Sarcodina (amibe), Ciliophora (ciliate), Zoomastigophora (flagelate) și Apicomplexa. Apicomplexia posedă o structură cunoscută sub numele de complex apical, în timp ce membrii Ciliophora au mii de cili pe suprafața organismului.
