Diferența cheie dintre helixul alfa și beta se bazează pe tipul de legătură de hidrogen pe care îl formează în dezvoltarea acestor structuri. Helicele alfa formează legături de hidrogen intra-moleculare, în timp ce helicile beta formează legături de hidrogen inter-moleculare.
Proteinele complexe au patru niveluri structurale de organizare - primar, secundar, terțiar și cuaternar. Structurile secundare ale proteinelor formează lanțurile peptidice în diferite orientări. Lanțurile peptidice constau din secvențe de aminoacizi legate prin legături peptidice. Prin urmare, există două structuri secundare principale în proteine ca alfa helix și beta helix. În plus, există și alte structuri secundare numite structuri beta turn și ac de păr. În principal, acest articol se concentrează pe diferența dintre helix alfa și beta.