Diferența cheie între omologie și similitudine în bioinformatică este că omologia se referă la o afirmație despre strămoșii evolutivi comuni ai a două secvențe, în timp ce similitudinea se referă la gradul de asemănare dintre două secvențe.
Bioinformatica este un domeniu al științei care combină biologia, ingineria informației, informatică, matematică și statistică pentru a analiza și interpreta datele biologice. Omologie și similitudine sunt doi termeni pe care îi folosim în domeniul bioinformaticii. Putem calcula cu ușurință asemănarea ca procent de reziduuri similare pe o lungime dată a alinierii. Cu toate acestea, nu putem calcula omologia, deoarece ar putea fi adevărată sau falsă și de obicei depinde de ipoteza utilizată.