Diferența cheie între coenzimă și cofactor este că coenzimele sunt molecule organice, în timp ce cofactorii pot fi molecule organice sau anorganice.
Enzimele sunt macromolecule biologice esențiale. Acestea sunt catalizatorii biologici, ceea ce crește rata reacțiilor biologice în condiții foarte ușoare. Mai mult, enzimele sunt proteine; astfel, atunci când sunt supuși unui nivel ridicat de căldură, concentrații de sare, forțe mecanice, solvenți organici și soluții concentrate de acid sau de bază, tind să se denatureze. Uneori, enzimele au nevoie de sprijinul unei alte molecule sau a unui ion pentru a avea funcția specifică. Coenzimele și cofactorii sunt astfel de molecule.