Diferența cheie între flageli și cili este că flagelii sunt lungi și prezenți în una până la opt pe celulă, în timp ce cilii sunt scurți și prezenți în sute pe celulă.
Cilia și Flagella sunt structuri minuscule atașate la celulele eucariote și procariote. Ei ies din suprafața celulelor lor. Aceste structuri ajută la locomoția organismelor unicelulare. În consecință, acestea conțin în principal proteine numite microtubuli sau corpuri bazale. În cazul organismelor eucariote unicelulare, atât cilii, cât și flagelele sunt vitale pentru locomoție. Pe de altă parte, în organismele multicelulare, cilii și flagelii ajută la mișcarea fluidelor și a altor materiale de-a lungul tuburilor corpului, în timp ce îndeplinesc funcția de mișcare a unei celule sau a unui grup de celule. Cu toate acestea, există o oarecare diferență între flageli și cili; în special, ele diferă între ele prin lungimea, dimensiunea, aspectul și tipul de celule de care sunt atașate.
