Diferența cheie între HPLC și GC este că HPLC folosește o fază solidă staționară și o fază mobilă lichidă, în timp ce GC utilizează o fază staționară lichidă și o fază mobilă gazoasă.
HPLC și GC sunt ambele metode de separare a compușilor dintr-un amestec. În timp ce HPLC se referă la cromatografia lichidă de înaltă presiune, GC este pur și simplu cromatografia gazoasă. Astfel, HPLC se aplică constituenților care sunt fluide, dar GC este util atunci când compușii sunt gazoși sau compușii care suferă vaporizare în timpul procesului de separare. Cu toate acestea, ambele au același principiu fundamental al moleculelor grele care curg mai încet decât cele mai ușoare.