Diferența cheie între vectorii de inserție și de înlocuire este că vectorul de inserție are capacitatea de a insera lungimi moderate de ADN străin în timp ce vectorul de înlocuire are capacitatea de a găzdui lungimi mai mari de ADN străin.
Vectorii fagului sunt bacteriofagii utilizați pentru clonare. Există două tipuri de vectori de fagi; sunt vector de inserție și vector de înlocuire. De asemenea, toți vectorii de fagi constau din gene neesențiale. Cu toate acestea, aceste gene trebuie îndepărtate din fagi pentru a facilita inserții noi de ADN străin.