Diferența cheie - Secvențierea Exome vs ARN
Secvențierea acidului nucleic este tehnica care determină ordinea nucleotidelor într-un anumit fragment de ADN sau ARN al unui organism. Secvențierea este importantă în identificarea structurii ADN și ARN a celulei și în distingerea anumitor gene care codifică proteinele funcționale; astfel, secvențierea poate fi utilizată pentru a înțelege mutațiile acestor gene și expresii genetice. Metoda de secvențiere Sanger sau metodele mai avansate de secvențiere de generația următoare sunt metodele de secvențiere utilizate în mod obișnuit. Secvențierea exomei este secvențierea setului complet de exoni sau regiuni de codificare ADN prezente într-un organism, în timp ce secvențierea ARN este procedura de secvențiere a acizilor ribonucleici (ARN). Aceasta este diferența cheie între secvențierea exomei și ARN.
CUPRINS
1. Prezentare generală și diferența cheie
2. Ce este secvențierea Exome
3. Ce este secvențierea ARN
4. Asemănări între Exome și secvențierea ARN
5. Comparație side by side - Exome vs RNA Sequencing în formă tabelară
6. Rezumat
Ce este secvențierea Exome?
Exomul este un subset al genomului care constă din genele codificatoare ale unui anumit organism. Genele codificatoare sunt denumite exoni și sunt transcrise în ARNm și apoi traduse în secvențe de aminoacizi. În timpul modificărilor post-transcripționale, mecanismul de îmbinare a ARN în eucariote îndepărtează intronii (regiuni necodificatoare), iar exonii rămân. Există două tehnici principale în care se face secvențierea exome: bazată pe soluție și bazată pe matrice.
În secvențierea exomului pe bază de soluție, probele de ADN sunt fragmentate utilizând fie enzime de restricție, fie metode mecanice și denaturate prin căldură. În această tehnică, sonde oligonucleotidice biotinilate (momeli) sunt utilizate pentru a hibridiza selectiv cu regiunile țintă din genom. Pentru etapa de legare se folosesc margele magnetice de streptavidină. Legarea este urmată de o etapă de spălare în care secvențele nelegate și nevizate sunt spălate. Țintele legate sunt apoi amplificate folosind reacția în lanț a polimerazei (PCR) și apoi sunt secvențiate utilizând secvențierea Sanger sau tehnici de secvențializare a următoarei generații.
Figura 01: Secvențierea Exome
Metoda bazată pe matrice este, de asemenea, similară cu metoda bazată pe soluție, cu excepția faptului că fragmentele de ADN sunt capturate într-o micro matrice și apoi urmează etapele de legare și spălare înainte de a fi secvențiate.
Secvențierea exomei este utilizată în multe aplicații, cum ar fi diagnosticarea genetică a bolilor, în terapia genică, în identificarea markerilor genetici noi, în agricultură pentru a identifica diverse trăsături agronomice benefice și în procedurile de creștere a plantelor.
Ce este secvențierea ARN?
Secvențierea ARN se bazează pe transcriptom, care este transcrierea completă a celulei. Obiectivele cheie ale secvențierii ARN sunt de a cataloga toate speciile transcriptului, inclusiv ARNm, ARN necodificator și ARN mic, pentru a determina structura transcripțională a genelor și pentru a cuantifica nivelurile de expresie ale fiecărui transcript în timpul dezvoltării. În timpul secvențierii ARN, tehnologiile de hibridizare (care erau ADN complementar derivat din secvențe mature de ARNm) au fost utilizate inițial pentru secvențierea. În prezent, pentru secvențierea ARN se folosește o tehnică mai precisă și mai avansată.
Figura 02: Secvențierea ARN
În secvențierea ARN, o probă de ARN care poate fi ARN total sau ARN fracționat este convertită în ADN-ul său complementar (ADNc) folosind transcrierea inversă și se prepară o bibliotecă de ADNc. Fiecare fragment de ADNc este atașat la adaptoare pe ambele părți (secvențierea capătului perechii) sau pe o parte (secvențierea capătului unic). Aceste secvențe etichetate sunt secvențiate folosind secvențierea Sanger sau următoarea generație, cum ar fi secvențierea exome.
Care sunt asemănările dintre Exome și secvențierea ARN?
- Fragmente scurte selectate sau întregul set de ADN / ARN pot fi utilizate pentru secvențierea Exome sau ARN.
- Fragmente secvențiate sunt păstrate în biblioteci.
- Se pot utiliza secvențierea Sanger sau secvențierea Next Generation.
- Ambele sunt metode de secvențiere in vitro.
- Fragmentele secvențiate pot fi determinate prin etichete fluorescente.
Care este diferența dintre Exome și secvențierea ARN?
Difuzarea articolului din mijloc înainte de tabel
Secvențierea Exome vs ARN |
|
| Secvențierea exomei este secvențierea setului complet de exoni sau regiuni de codificare ADN prezente într-un organism. | Secvențierea ARN se referă la procedura de secvențiere a acizilor ribonucleici (ARN); transcriptomul. |
| Eșantion de pornire | |
| ADN-ul genomic este proba inițială a secvențierii exomului. | ARN este proba de pornire a secvențierii ARN. |
| Compoziţie | |
| Acesta conține doar regiuni de codificare ale ADN-ului total cunoscut sub numele de Exoni | Acesta conține ARN-ARNm / transcriptom. |
| Secvențierea | |
| Există două metode principale de secvențiere a exomei; tehnologii bazate pe soluții și bazate pe matrice. | Secvențierea ARN se face prin prepararea unei biblioteci de ADNc prin extragerea ARN-ului total sau a ARN-ului fragmentat. |
Rezumat - Secvențierea Exome vs ARN
Exomul este setul complet de regiuni de codificare ale unui organism și tehnicile implicate în determinarea ordinii nucleotidice exacte a Exomului este cunoscută sub numele de secvențierea exomului. Secvențierea ARN este tehnica implicată în determinarea ordinii nucleotidice a ARN-ului unui organism. Aceasta este diferența dintre exome și secvențierea ARN.
Descărcați versiunea PDF a Exome vs RNA Sequencing
Puteți descărca versiunea PDF a acestui articol și o puteți folosi în scopuri offline, conform notei de citare. Vă rugăm să descărcați versiunea PDF aici Diferența dintre Exome și secvențierea ARN
