Diferența esențială între incompatibilitatea de sine gametofitică și sporofitică este că în sistemul de auto-incompatibilitate gametofitică, fenotipul polenului este determinat de genotipul său haploid gametofitic, în timp ce în auto-incompatibilitatea sporofitică, fenotipul polenului este determinat de genotipul diploid al plantei.
Auto-incompatibilitatea este un mecanism de control al polenizării la plante. Previne în primul rând autopolenizarea și impune polenizarea încrucișată, care este un avantaj evolutiv. Auto-incompatibilitatea apare ca urmare a interacțiunilor chimice negative dintre polen și țesutul de stil din cadrul aceleiași alele. Deși polenii și pistilii sunt viabile și fertili, germinarea polenului nu are loc la aceste plante. Când germinarea polenului nu se întâmplă, tubul polenului nu se poate forma. Apoi polenii nu reușesc să livreze gametii masculi în gametele feminine pentru fertilizare. Ca urmare, nu pot produce semințe.
Există două sisteme majore de auto-incompatibilitate precum auto-incompatibilitatea gametofitică și auto-incompatibilitatea sporofitică. Sunt sisteme de auto-incompatibilitate cu un singur locus, care se bazează pe un singur locus multi-alelic (S). Acest locus constă dintr-un pistil care exprimă gena S și un polen care exprimă gena S.
