Diferența cheie între complementare și recombinare este că complementarea este capacitatea a doi mutanți în combinație de a restabili un fenotip normal, în timp ce recombinarea este schimbul de material genetic între cromozomi, rezultând modificări fizice ale cromozomilor.
Complementarea și recombinarea sunt două concepte care produc organisme diferite din punct de vedere genetic. Complementarea restabilește fenotipul normal atunci când doi mutanți se combină în timp ce recombinarea dă naștere unui organism cu o structură genetică modificată datorită schimbului de material genetic între organisme.