Diferența cheie între biotransformare și metabolism este că biotransformarea este o parte a metabolismului în care transformarea biochimică are loc într-un anumit medicament sau compus, în timp ce metabolismul se referă la toate reacțiile biochimice care au loc într-un organism viu.
Metabolismul este un termen larg, care nu include toate reacțiile biochimice care au loc într-un organism viu, ci și metabolismul medicamentelor. Prin urmare, metabolismul este activ de la intrarea unui anumit compus până la eliminarea acelui compus în organismul viu. Mai mult, metabolismul medicamentelor sau xenobioticului este un domeniu important al biochimiei studiat pe scară largă în întreaga lume. Metabolismul xenobiotic include multe proceduri. Obiectivul principal al metabolismului xenobiotic sau al metabolismului medicamentului implică toate modificările biochimice care au loc într-un medicament. Biotransformarea este, de asemenea, o parte a metabolismului xenobiotic. În consecință, biotransformarea de la un compus la alt compus este importantă pentru a adăuga proprietăți precum solubilitatea compușilor etc.