Diferența cheie între acidul fluorhidric și acidul clorhidric este că acidul fluorhidric este un acid slab, în timp ce acidul clorhidric este un acid puternic. De asemenea, acidul fluorhidric este capabil să formeze legături de hidrogen, în timp ce acidul clorhidric este incapabil să formeze legături de hidrogen.
Mai mult, o altă diferență importantă între acidul fluorhidric și acidul clorhidric constă în structura lor moleculară. Molecula de acid fluorhidric are un ion fluor, în timp ce molecula de acid clorhidric are un ion clorură. Mai mult, atât acidul fluorhidric cât și acidul clorhidric sunt donatori de protoni. Prin urmare, aceste molecule de acid se pot ioniza în medii apoase eliberând protoni (H +). Acești protoni determină aciditatea în mediul apos.