Diferența cheie între mutația silențioasă și mutația neutră este că mutația silențioasă este un tip specific de mutație neutră care nu are un efect observabil asupra fenotipului organismului, în timp ce mutația neutră este o modificare a secvenței ADN care nu este nici benefică, nici dăunătoare capacității de un organism pentru a supraviețui și a se reproduce.
O mutație este o schimbare care are loc în secvența nucleotidică a ADN-ului. Mutația poate avea loc din cauza factorilor de mediu precum fumul de țigară și lumina UV sau din cauza atacurilor virale, substanțelor chimice puternice etc. Mutațiile din celulele germinale trec în generațiile următoare în timp ce mutațiile din celulele non-germinale (mutații somatice) nu trec în generațiile următoare și vor afecta supraviețuirea unui singur organism. Mutațiile silențioase nu duc la modificări în secvența de aminoacizi a proteinei codificate. Mutațiile neutre nu provoacă un efect observabil asupra fenotipului organismului.
