Diferența cheie între harta genetică și harta de legătură este tipul de gene utilizate pentru procesul de cartografiere. Harta genetică constă din toate genele prezente pe un anumit cromozom, în timp ce harta de legătură constă din gene legate pe un anumit cromozom.
Harta genetică și harta de legătură sunt două tipuri de hărți cromozomiale care ilustrează genele găsite pe cromozomi. O hartă genetică arată toate genele, în timp ce o hartă de legătură arată doar genele legate. Ambele sunt foarte utile în diagnosticarea bolilor și tulburărilor genetice. În plus, aberațiile cromozomiale pot fi, de asemenea, detectate folosind hărți genetice și de legătură. Hărțile de legătură oferă în plus o idee despre evoluția anumitor gene.