Diferența cheie dintre nefridii și tubii malpighieni depinde de apariția lor în organisme. Nephridia este prezentă în organismele inferioare, cum ar fi viermii și moluștele, în timp ce tubii malpighieni sunt prezenți în regiunile posterioare ale insectelor și artropodelor terestre.
Excreția este un aspect important al organismelor vii. Căile metabolice generează diferiți produse excretoare ca produse secundare. Cu toate acestea, acumularea de deșeuri într-un sistem de corp viu este toxică și dăunătoare. Prin urmare, prezența unui mecanism de eliminare a deșeurilor metabolice din organism printr-un sistem de excreție este o necesitate. Prin urmare, diferite tipuri de organe excretoare sunt prezente în diferite grupuri de organisme. Nefridia și tubulii malpighieni sunt două exemple de astfel de organe excretoare.