Diferența cheie între congener și izomer este că congenerul se referă la compuși chimici care au structuri similare și proprietăți similare. Între timp, izomerul se referă la molecule care au aceeași formulă chimică, dar structuri diferite.
Termenii congener și izomer se referă la grupuri de compuși care sunt grupați în funcție de asemănările lor. Termenul congener poate avea definiții diferite, dar în chimie, folosim mai ales definiția conform căreia congenerii sunt compuși chimici care au structuri similare și proprietăți similare. Izomerii, pe de altă parte, sunt compuși având structuri diferite, dar o compoziție atomică similară; prin urmare, au și proprietăți diferite.
