Diferența cheie între fluxul de energie și ciclul materiei este că fluxul de energie arată transmiterea energiei de la un nivel trofic la următorul nivel trofic în lanțurile alimentare, în timp ce ciclul materiei arată fluxul sau ciclul elementelor prin părțile vii și non-vii ale ecosistemelor.
Energia curge într-un ecosistem prin lanțuri alimentare. În mod similar, elementele circulă prin diferite părți ale Pământului. Soarele este sursa de energie a majorității ecosistemelor. Producătorii primari fixează energia luminii solare în carbohidrați. Consumatorii, în special erbivorele, consumă alimente produse de producători. Apoi carnivorele și omnivorele depind de erbivore. La fel, energia curge prin diferite niveluri trofice. În același timp, materia se reciclează prin diferite procese. De fapt, atât energia, cât și materia se deplasează de la un organism la altul în lanțurile alimentare.
